Averroès développe une pensée philosophique originale, qui reste d’ailleurs assez méconnue en Islam. S’opposant à Avicenne, il refuse l’idée d’un Etre nécessaire par soi et fait de Dieu l’Agent de l’univers, présent au monde physique qu’il régit. « On ne peut séparer essence et existence… » « Dieu est présent au monde physique, mais n’en est pas moins transcendant.. »
Pour lui, deux voies d’accès s’ouvrent à la recherche de la vérité : celle du philosophe : de la raison, et celle du prophète : de la révélation.
Il exclut l’existence de deux vérités, l’une destinée au commun, l’autre aux esprits éclairés, pour admettre au contraire l’existence de deux aspects d’une même vérité. En cela, il est proche d’al-Farabi.
C’est en tant que « grand commentateur d’Aristote » qu’il aura une postériorité célèbre en Occident médiéval : en effet, c’est à travers ses traductions en Latin que les professeurs et étudiants de la montagne Sainte-Geneviève, d’Oxford, de Bologne, et de Louvain découvriront et étudieront Aristote – dont ils n’avaient pas les textes originaux - pendant plus d’un siècle.
L’ « Averroïsme latin » avait une telle présence en Occident chrétien, que Thomas d’Aquin (+ 1274), pour lutter contre son influence, écrira « contra Averroïstem » pour donner aux étudiants une lecture chrétienne d’Aristote.
A la fin de sa vie Averroès, victime de juristes orthodoxes cordouans, est exilé, et ses œuvres philosophiques sont brûlées.
Son protecteur al-Mansour, souverain de Cordoue, le fera réhabiliter. Mais Averroès meurt à Marrakech, d’où son corps sera rapatrié dans sa ville natale.